Metodologia
Sequenciamento do genoma completo (WGS) por NGS com biblioteca PCR-free, cobertura média mínima de 30x e ao menos 95% das bases acima de 15x. Detecção de variantes pontuais, pequenas inserções e deleções, alterações no número de cópias (CNV) e variantes estruturais. Genoma de referência GRCh38/hg38. Classificação de variantes pelos critérios ACMG, com as atualizações do ClinGen.
Escopo interpretado
155 genes de predisposição hereditária e análise do gene APOE. São reportadas apenas variantes patogênicas ou provavelmente patogênicas, com zigosidade compatível com o padrão de herança da doença.
Escores de risco
Cardiovascular: risco clínico PREVENT-ASCVD (10 e 30 anos) e escore poligênico de doença arterial coronariana PGS003725. Câncer de mama (mulheres): escore poligênico com 313 variantes. Escores normalizados por populações de referência (1000 Genomes e HGDP) para reduzir o viés de ancestralidade.
Nutrigenética, estilo de vida e medicamentos GLP-1
18 marcadores de exercício, alimentação e sono e 4 marcadores de resposta à semaglutida e à tirzepatida, cada um com o nível de evidência científica.
Farmacogenômica
Genes com alto grau de evidência (CPIC 1A, 1B e 2A), interpretados com PharmGKB e diretrizes do CPIC.
Dados clínicos necessários
Para o cálculo PREVENT: idade, sexo, peso e altura, pressão sistólica, colesterol total e HDL, creatinina, diabetes, tabagismo, uso de anti-hipertensivo e de estatina, doença cardiovascular e insuficiência cardíaca conhecidas. Sem esses dados, o risco clínico cardiovascular não é calculado.
Amostra e preparo
Swab bucal. Ficar 30 minutos sem comer, beber ou escovar os dentes antes da coleta.
Prazo
Até 22 dias úteis após a chegada da amostra ao laboratório.
Documentação
A Vinci emite a requisição médica e o termo de consentimento. Nota fiscal emitida para pedido de reembolso ao convênio.
Limites da interpretação
- Predisposição não é diagnóstico.
- O exame detecta mais de 99% das variantes pontuais e pequenas inserções e deleções de até 20 pares de base; CNVs de um ou mais éxons têm sensibilidade acima de 90%.
- Regiões repetitivas, com pseudogenes ou mal sequenciadas podem ter variantes não detectadas.
- Ausência de achados não elimina risco futuro.
- Escores poligênicos indicam posição em relação a uma população de referência, não a probabilidade de ter a doença.
- Variantes de significado incerto (VUS) não são reportadas.
Genes interpretados
ACTA2, ACTC1, ACTN2, ACVRL1, APC, APOB, ATM, ATP7B, AXIN2, BAG3, BAP1, BARD1, BMPR1A, BMPR2, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BTD, CACNA1C, CACNA1S, CACNB2, CALM1, CALM2, CALM3, CASQ2, CAV1, CAV3, CDC73, CDH1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, COL3A1, CRYAB, CSRP3, DES, DICER1, DMD, DSC2, DSG2, DSP, EMD, ENG, EPCAM, F2, F5, F9, FBN1, FH, FHL1, FLCN, FLNC, GAA, GDF2, GLA, GPD1L, GREM1, HAMP, HCN4, HFE, HJV, HNF1A, HOXB13, JUP, KCNE1, KCNE2, KCNH2, KCNJ2, KCNQ1, KIT, LAMP2, LDLR, LDLRAP1, LMNA, MAX, MEN1, MET, MITF, MLH1, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, MYBPC3, MYH11, MYH7, MYL2, MYL3, MYLK, NBN, NF1, NF2, NKX2-5, NTHL1, OTC, PALB2, PCSK9, PDGFRA, PKP2, PLN, PMS2, POLD1, POLE, PRKAG2, PRKAR1A, PRKG1, PROC, PROS1, PTCH1, PTEN, RAD51C, RAD51D, RB1, RBM20, RET, RPE65, RYR1, RYR2, SCN5A, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SERPINA1, SERPINC1, SGCD, SLC40A1, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, STK11, TCAP, TFR2, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMEM43, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TP53, TPM1, TRDN, TSC1, TSC2, TTN, TTR, VCL, VHL e WT1. Mais o gene APOE.